El 30 de junio de 1999, los San Antonio Spurs realizaban una de las mejores apuestas en la historia de la NBA: eligieron en el pick número 57 a un joven argentino que brillaba en Europa.
El 29 de octubre de 2002, Manu debutaba en el Stapless Center ante Los Angeles Lakers, que eran los campeones reinantes. Ginóbili jugó 20 minutos logrando 7 puntos, 4 robos, 3 asistencias, 2 rebotes y 2 pérdidas.
El choque entre el mejor basquetbolista de la historia y el mejor de la Argentina ocurrió el 31 de diciembre de 2002, en San Antonio. Los texanos le ganaron a los Washington Wizards de Michael Jordan por 105 a 103. Manu sólo compartió con MJ un minuto en cancha.
Una de las volcadas más recordadas del bahiense, contra la montaña china de 2.29 m, Yao Ming.
Juego 1 de las semifinales de conferencia del 2013, ante los Golden State Warrios. Emanuel Ginóbili hizo delirar a todo el AT&T Center con este triple ganador.
Luego de la dura derrota ante Miami en las finales del 2013, Manu y los Spurs tuvieron revancha ante el Heat que integraban LeBron James, Wade y Bosh, entre otros. Ante este último, Ginóbili realizó una de sus volcadas más significativas. Fue en el juego 5, el que selló la serie y el campeonato a favor de San Antonio.
La 2004/05 fue una de las mejores temporadas de Manu en la NBA, lo que decantó en que fuera elegido como suplente por los entrenadores de la NBA de la Conferencia Oeste, para jugar el All-Star Game. Ese fue su debut en la elite de la NBA.
En la temporada 2010-11, Popovich pone como titular a Ginóbili en 79 de sus 80 partidos disputados en la temporada regular. Manu fue el mejor jugador de los Spurs y uno de los mejores de la NBA en ese año (octavo en la clasificación del MVP). Por todo esto, los DT de la Conferencia Oeste vuelve a seleccionarlo como reserva para el All-Star game de Los Angeles.
El mejor pase de la temporada 2011/12. Un pase digno del mejor Tom Brady o del mejor Juan Román Riquelme, si buscamos comparación con grandes asistidores de otros deportes. Manu vio a Matt Bonner solo bajo el aro y lo habiltó con un pase furibundo, para que el "Colorado" materializará una de las mejores asistencias en la carrera del bahiense.
Manu fue el Mejor Sexto Hombre de la temporada 2007/08. Para muchos especialistas, Ginóbili cambió la forma de ver este galardón. Luego de que él ganara el premio, figuras de la talla de Jamal Crawford, Lamar Odomo o James Harden se hicieron con este reconocimiento.
El 21 de enero de 2005, Manu logró su máxima de puntos en la NBA: ni más ni menos que 48 puntos ante Phoenix Suns. El resultado final: 128-123 para los Spurs, en tiempo suplementario.
En el 2010, durante un partido de pretemporada contra Los Angeles Clippers, en México, el argentino no fue noticia por le hecho en los 13 minutos que estuvo en cancha. Sí lo fue por diseñar y explicarle, pizarra en mano, a sus compañeros, la jugada para ganar el partido. Gracias a las indicaciones del Coach Manu, los Spurs se llevaron la victoria.
Temporada como rookie y título. El 15 de junio San Antonio venció a New Jersey Nets por 88-77 y cerró la serie por 4-2. El segundo anillo de la historia de San Antonio y el primero de la dinastía Duncan-Parker-Ginóbili. El bahiense aportó 11 puntos en el duelo final.
Su segundo campeonato se dio en el marco de unas finales espectaculares, en donde Spurs y Pistons definieron en el séptimo juego. Ese partido terminó con un marcador 81-74 y el bahiense tuvo diez minutos finales sensacionales: anotó 11 de sus 23 puntos. Se esperaba que Manu fuera el MVP de las finales, premio que finalmente quedó en manos de Duncan.
En la 2006/17 llegó el tercer anillo para el bahiense. Y llegó con barrida nada menos que a los Cavaliers de LeBron James. El Juego 4 se disputó en Cleveland y los Spurs ganaron con 27 de Manu, el goleador de la noche.
Tras una de las derrotas más duras en la carrera de Manu (la increíble final perdida la temporada anterior), las Finales del 2014 dieron lugar a la redención ante el mismo rival: Miami Heat. San Antonio mostró un nivel superlativo en casi toda la temporada (denominado como The Beautiful Game por los especialistas), y la final no fue excepción: 4 a 1 al equipo de LeBron.
En Halloween de 2009, San Antonio recibía a Sacramento. Partido normal de la NBA donde el local se hace fuerte en su casa. Hasta que un murciélago se hace presente en el AT&T Center. Ginóbili sacó a relucir su zurda mágica y nockeó al roedor volador, dejándolo tendido sobre el parqué. El bahiense lo agarró y se lo entregó a un guardia de seguridad. Una nueva ovación para el crack.
La marca registrada de Emanuel Ginóbili en la NBA: el Euro Step fue consagrado como mejor movimiento de la historia de la NBA en una encuesta realizada por la NBA TV. El movimiento característico del bahiense superó al Crossover de Allen Iverson, la Flotadora de Tony Parker, el Fade Away de Michael Jordan, el Gancho de Kareem Abdul Jabbar y el Dirk One Footer de Nowitzki, entre otras grandiosas jugadas.
Inoxidable. Con 39 años, Ginóbili brilló para que los Spurs inclinaran a su favor la serie ante los Rockets de la superestrella James Harden. A los 12 puntos (doble para empatar el juego faltando 34.5 segundos), 7 rebotes y 5 asistencias, le sumó una de las jugadas más espectaculares de su carrera: tapa por detrás a La Barba para darle la victoria a San Antonio y desatar la euforia del AT&T Center.
Último partido profesional para Manu. San Antonio perdió 99-91 ante Golden State el quinto juego, en la primera ronda de los playoffs. Ginóbili con 40 años, aportó: 10 puntos, 7 asistencias y 5 rebotes, en 24 minutos en cancha. Ovación de pie para el jugador más querido de los Spurs.