Luego de varios días de investigación junto al personal de la División Rastros, logró establecer diferentes lugares de relevancia para la causa, por lo que el Juzgado Nacional en lo Criminal y Correccional Federal Nº9 a cargo del Dr. Luis Osvaldo Rodríguez, Secretaría N°17 a cargo del Dr. Gustavo Ramírez, determinó llevar a cabo cuatro allanamientos: uno en la Ciudad Autónoma de Buenos y otros tres en el Gran Buenos Aires (Ramos Mejía, Ciudadela y Lomas del Mirador).
En esta última localidad del partido de La Matanza, más precisamente en Perú al 500, se detuvo a Juan Gabriel Apud, de 32 años y de profesión técnico de refrigeración, cuya huella había quedado en una de las botellas que no llegó a estallar en la sede del multimedio ubicado en la calle Piedras al 1700.
Según informaron fuentes que participaron del allanamiento, Apud se encontraba en el lugar el día del hecho junto a otras personas y luego del atentado, huyó a bordo de una moto conducida por otro sujeto. Sin embargo, algunas cuadras después, en la esquina de Brandsen y Montes de Oca, en Barracas, se bajó del rodado para tomar un colectivo de la línea de colectivos 60. En dicho transporte, utilizó la tarjeta SUBE de su esposa, lo que permitió comenzar a desenredar el ovillo hasta dar con su paradero.
En el domicilio de Apud, se secuestraron prendas de vestir utilizadas por el acusado el día del hecho, panfletos, carteles y libros relacionados con la ideología anarquista, teléfonos celulares, computadoras, dispositivos de almacenamiento y demás elementos de interés.
El aprehendido, se negó a declarar ante el juez Rodríguez y su abogado defensor ya solicitó su excarcelación.