• La causa por irregularidades en la investigación del atentado a la AMIA se inició en 2000 a raíz de la declaración del ex secretario del juez Juan José Galeano, Claudio Lifschitz, quien contó cómo fueron las maniobras en el caso.
• Durante cinco años, el juez Claudio Bonadio, a cargo de esa investigación, no realizó indagatorias.
• Recién llamó a indagatoria a 37 personas en 2005. Todos los convocados debían testimoniar en el Consejo de la Magistratura contra el juez Galeano. Ninguno pudo ir al Consejo con el argumento de que podrían auto-incriminarse en la causa judicial. Con ese llamado, se consideró que Bonadio estaba beneficiando a Galeano.
• Ese mismo año, 2005, tres jueces de la Cámara del Crimen, actuando como conjueces en la Sala I de la Cámara Federal, expulsaron de la investigación a Bonadio y enviaron los antecedentes de su decisión a la Comisión de Disciplina del Consejo de la Magistratura. Le reprocharon falta de imparcialidad y haber mantenido un doble rol de magistrado y sospechoso.
• Los jueces Gustavo Bruzzone, Carlos González y Jorge Rimondi consideraron que Bonadio debió haberse apartado voluntariamente del caso cuando el Gobierno imputó en la causa al ex ministro del interior Carlos Corach, ya que Bonadio había sido su segundo cuando el ex funcionario se desempeñaba al frente de la Secretaría Legal y Técnica de la Presidencia, durante la gestión de Carlos Menem.
• El fallo de la Cámara dice: “Bonadio ocultó información generando serias dudas sobre la corrección de la conducta del recusado, que ocultó los cargos que ocupó. Por ello debe intervenir el Tribunal de Disciplina del Consejo de la Magistratura".
• Lo que se investigaba originalmente era que el comisario Fino Palacios debía allanar domicilios de la familia de Alberto Kanoore Edul el 1º de agosto de 1994, pocos días después del atentado contra la AMIA. La sospecha contra Kanoore venía porque ocho días antes del atentado llamó por teléfono a Carlos Telleldín, el armador de autos truchos que tuvo en su poder la camioneta que –según el Tribunal Oral– fue usada para cometer el atentado. Pero, además, hubo un camión que dejó un volquete frente al edificio de la AMIA cinco minutos antes de la explosión. En la hoja de ruta que tenía el chofer del camión figuraba que pasó por un predio de Kanoore Edul antes de dirigirse a la AMIA. A esto se agrega que la empresa de volquetes tenía antecedentes de haber comprado Amonal, el material usado en el explosivo.
• Se ordenó el allanamiento a tres propiedades de Kanoore Edul. En los procedimientos hubo todo tipo de irregularidades, lo que motivó la denuncia contra Palacios. El jefe policial o alguien de su entorno registra dos llamados a celulares pertenecientes a Kanoore, lo que hace suponer que le avisaron del procedimiento. En lugar de allanar a la mañana, se hizo mucho más tarde, cuando todos en la cuadra sabían que se estaba por tomar esa medida. Se hizo un allanamiento, otros dos no se concretaron y prácticamente no se secuestró nada.
• Durante aquella jornada del 1º de agosto, Kanoore Edul padre, conocido de Carlos Menem, se dirigió a la Casa Rosada y se entrevistó con el hermano del presidente, Munir. Eso llevó a que sólo se hiciera uno de los tres allanamientos y que se suspendiera la intervención telefónica a los Edul. Mientras a algunos imputados se les hicieron escuchas durante años, a los Edul se los dejó de escuchar al día siguiente.
• En agosto de 2005, el fiscal Alberto Nisman (a cargo desde 2004 de la UFI-AMIA) presentó una nueva denuncia porque uno de los policías que participó del allanamiento a Kanoore Edul, el principal Carlos Alberto Salomone, declaró que la firma en las actas no era la suya, que se la falsificaron.
• Meses antes de ser expulsado de la causa y cuando su apartamiento ya era público, Bonadio aceptó armar un expediente paralelo, el 10507/05. Pero no incluyó allí la denuncia de Nisman sobre la firma trucha.
• En ese expediente paralelo, Bonadio se dedicó a recopilar información. Pidió medidas que no tenían nada que ver con las firmas: los números de celulares que se usaron en los allanamientos, los entrecruzamientos de llamadas, información acerca de los testigos y que se le remitan todas las declaraciones.
• Bonadio tardó tres años en llamar a Palacios a declaración indagatoria. Lo hizo en noviembre de 2008, pero antes libró un oficio a la UFI- AMIA reclamando “todos los informes y listas de comunicaciones y quienes hicieron los llamados”.
• Bonadio no culpó al Fino Palacios de las actas falsas, sino a otro comisario, Carlos Antonio Castañeda. La Cámara anuló el procesamiento de Castañeda y también le quitó esta causa a Bonadio, en mayo de 2010.
• El expediente referido a las firmas truchas del allanamiento se unió a toda la investigación sobre el encubrimiento y las irregularidades. Y quedó en manos del juez Ariel Lijo.
• Antes de ser apartado del expediente paralelo – y cuando todavía investigaba a Palacios- se supo que Bonadio visitó al comisario en el penal de Marcos Paz. Esto lo denunció el fiscal Alberto Nisman en 2010.
• En 2010, además, Nisman denunció a Bonadio por integrar una asociación ilícita con Carlos Menem y Carlos Corach.
• En junio de 2017 y luego de ser rechazada por otros jueces, Bonadio recibió y se hizo cargo de la denuncia contra la todavía presidenta Cristina Kirchner y otros funcionarios de su gobierno, que Nisman iba a presentar el 19 de enero de 2015.