La empresa estatal cuenta con el Patio Alianza en el partido de Tres de Febrero, donde están basados maquinistas, cambistas, mecánicos, personal de vía y obra y cortatráficos, que temen que la transformación en siete firmas distintas esté acompañada despidos.
El anuncio del gobierno nacional de la privatización de Trenes Argentinos Cargas tiene su impacto en la región, donde la firma estatal, con su división Línea San Martín cuenta con el Patio Alianza, donde están basados maquinistas, cambistas, mecánicos, personal de vía y obra y cortatráficos, entre otros empleados. También cuenta con una base más reducida en Haedo.
La incertidumbre que ya existía entre los trabajadores se agudizó, ya que según detalló el titular de la Agencia de Transformación de Empresas Públicas, Diego Chaher, "será una concesión por la vía, con derecho a pago de peaje, y que incluirá el traspaso de los empleados afectados a la misma; dos concesiones de locomotoras; dos concesiones de vagones y dos concesiones de talleres que incluyan a los empleados asociados".
Por lo tanto, la empresa se dividirá en siete firmas distintas, con la consiguiente dispersión del personal, que teme que en el transcurso del proceso se dispongan cesantías.
El Patio Alianza es una gran playa ferroviaria que se extiende entre las estaciones Sáenz Peña y Caseros, en el partido de Tres de Febrero donde se maniobra con las formaciones -generalmente de 60 vagones- procedentes de Cuyo, para con partes de ellas continuar a los destinos finales: el Puerto de Buenos Aires (contenedores con soja prensada o vino), el Puerto de La Plata (con carbón de coque originado en la Destilería YPF de Luján de Cuyo, Mendoza), o los más cercanos de Tablada y Doctor Cabred (arena especial) y San Justo (canto rodado). Otras unidades se descargan en el mismo Patio Alianza.
Para muchos trabajadores "esto es un regreso a los '90, a la época de (el presidente Carlos Saúl) Menem, cuando la privatización de los ferrocarriles estuvo acompañada de miles de despidos que afectaron a familias enteras en todo el país: recibían el telegrama de cesantía el padre, el hijo, los hermanos, todos. No sabemos qué puede pasar, y hay muchos rumores", señalaron.
El tramo no urbano del Ferrocarril San Martín, a partir de Pilar (y el sector Mercedes-Bragado-Lincoln de la Línea San Martín) fue concesionado a Buenos Aires al Pacífico (BAP), perteneciente al Grupo Pescarmona de Mendoza, que lo operó entre 1992 y 2000.
Pero en coincidencia con la llegada del nuevo milenio lo transfirió a América Latina Logística (ALL), una empresa de Brasil a la que el Estado nacional le rescindió el contrato en 2013 por múltiples incumplimientos, situación que se registró también en su país de origen, donde en 2015 se disolvió y fue adquirida su red por la empresa Rumo.
Durante la operación estatal, Trenes Argentinos Cargas Línea San Martín incorporó locomotoras y vagones -bordes altos o carboneros (para el transporte de carbón de coque), tolvas mineras (para llevar piedras), tolvas gran granero (para cereales) y chatas porta contenedores fabricados por la empresa china CRRC, que fue desplazando al material que tenía más de 50 años de antigüedad, y que aún se sigue utilizando, como las locomotoras ALCo RSD-16 y RSD-35.
Tanto en la operatoria privada como en la estatal, el ramal principal del San Martín, que une Buenos Aires con Mendoza, sufrió una interrupción entre Junín y Rufino por el desborde de la laguna La Picasa, que increíblemente ocurrió dos veces (la misma suerte corrió la Ruta Nacional 7): tras la primera, se construyó un pedraplén, pero la crecida nunca antes registrada del espejo de agua provocó que quedara bajo el agua, y que se dispusiera su reconstrucción.
Ese corte obligó a circular por ramales secundarios, con una significativa extensión del tiempo de viaje y kilómetros recorridos, y en ambas oportunidades, el trazado ferroviario fue rehabilitado bastante después del trazado caminero.
Actualmente hasta Junín la vía está en regular estado, pero más allá hay tramos en mal estado -donde los trenes tienen que circular a 15 kilómetros por hora- y donde se registran frecuentes descarrilamientos, lo que llevó a suprimir este año el tren de pasajeros (que opera la también estatal Trenes Argentinos), en una primera etapa en el tramo entre Justo Daract (San Luis) y Palmira (Mendoza) y luego entre Junín y Justo Daract, quedando en consecuencia entre Retiro y Junín. En los últimos años se anunció en varias oportunidades que la infraestructura sería mejorada con una inversión de China, que no se concretó.