El padre Carlos Mugica fue asesinado el 11 de mayo de 1974, cuando, después de celebrar misa en la iglesia de San Francisco Solano –situada en la calle Zelada 4771, en el barrio de Villa Luro–, se disponía a subir a su humilde Renault 4-L. Un oscuro personaje –en el que algunos testigos creyeron reconocer al comisario Rodolfo Eduardo Almirón, el jefe de la "Triple A" lopezrreguista– bajó de un auto y le pegó cinco tiros en el abdomen y en el pulmón, y el tiro de gracia se lo dio en la espalda.
Mugica tenía ángel o carisma, se hacía querer, incluso por sus enemigos, pero en especial por los humildes para quienes trabajaba codo a codo y día a día. Era de temperamento apasionado, calentón como suele decirse en la calle. Pero luchaba con sus ideas, sin más armas que su crucifijo y su manera combativa de entender su sacerdocio. Incluso, él mismo reconoció en más de una oportunidad haber sido arbitrario e injusto. Lo reconoció. Tan rápido para la equivocación como para la rectificación.
Carlos Mugica nació en Buenos Aires el 7 de octubre de 1930, siendo uno de los siete hijos del matrimonio de Adolfo Mugica -fundador del Partido Demócrata Nacional, por el cual fue diputado durante el período 1938-1942, y ministro de Relaciones Exteriores de Frondizi en 1961- y de Carmen Echagüe —hija de terratenientes adinerados de Buenos Aires—. Cursó sus estudios secundarios en el Colegio Nacional de Buenos Aires, del que egresó en 1948 y luego tuvo un paso fugaz por la Facultad de Derecho, estudios universitarios que abandonó para ingresar en el Seminario Metropolitano de Buenos Aires.
Mugica fue ordenado sacerdote por el cardenal Antonio Caggiano el 20 de diciembre de 1959 en la Catedral de Buenos Aires. Junto con Mugica fue ordenado Luis Rivas, más tarde biblista reconocido que lo ayudaría trece años después en la elaboración de un documento de descargo.
Fue uno de los 270 sacerdotes que el 31 de diciembre de 1967 adhirieron al mensaje de los 18 Obispos del Tercer Mundo, número que meses después alcanzó 400 que desde abril de 1968 decidieron llamarse Movimiento de Sacerdotes para el Tercer Mundo y conformaron un Comité organizador.
El 12 de julio de 2012 el ahora ex juez Norberto Oyarbide emitió una declaración en la que hizo público que «Rodolfo Eduardo Almirón fue el autor inmediato del homicidio de Carlos Francisco Sergio Mugica, en el marco del accionar delictivo de la Triple A». Justificó su decisión a fin de «declarar la verdad de lo que aconteció, y así brindar una respuesta a los familiares de la víctima y a la sociedad».