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El gran cambio para el Hospital se dio a comienzos de la década del 90 cuando se asoció a la Facultad de Medicina de la Universidad de Buenos Aires.
Así llegó a tener una población de casi 6000 internos a fines de la primera guerra mundial, hoy se calcula que son cerca de 1500 los internos y otros varios miles más de ambulatoria. Uno de los emprendimientos más importantes que se llevaron a cabo dentro del Hospital es la emisora de LT22 Radio La Colifata, gestionada por los propios internos.
En su formato original las emisiones grabadas con los internos se transmitían en forma de una columna especializada en la FM comunitaria S.O.S. de San Andrés, provincia de Buenos Aires; Olivera dirigía las sesiones de grabación, en las que cada interno tomaba un dictáfono o grabador de cinta portátil y hablaba libremente de lo que quisiera comunicar. Luego eran editados de manera artesanal en un sistema doble casetera en forma de micro-programas de hasta dos minutos de duración. Los resúmenes de las grabaciones convocaron a una amplia audiencia, lo que posibilitó que, varios años más tarde, se reuniera el equipo necesario para transmitir desde el mismo Hospital Borda.
Por otro lado, en el sector declarado Monumento Histórico Nacional funcionan, entre otras unidades, el Centro de Investigaciones Neurobiológicas del Ministerio de Salud, uno homónimo del mismo hospital, y un laboratorio de investigaciones especializadas en electroneurobiología, todos integrantes de la mencionada tradición científica. El Congreso Nacional en 2010 aprobó la Ley de Protección de la Salud Mental para que se adapten a niveles fijados en normas internacionales de salud todos los hospitales psiquiátricos del país, y se prohíbe la creación de nuevas instalaciones de ese tipo a la vez que promueve el tratamiento de los pacientes con desordenes mentales vía externación y en subdivisiones psiquiátricas de Hospitales Públicos Generales.